Beyin malformasyonlarının çoğu bebek doğmadan önce başlar. Bazı şeyler beyne hasar vererek veya anomali yaratarak problem yaratırlar. Bazen olay genetiktir. Bazı olgularda hamilelik esnasında alınan ilaçlar, enfeksiyona veya radyasyona maruz kalmak beyin gelişimini etkiler. Beyin malformasyonlarının tipleri; beynin bir bölümünün olmaması, beynin belli kısımlarının anormal büyümesi veya beyni tam olmayan bölünmesi olarak özetlenebilir.

Beynin etkilenmediği fakat kafatasının malformasyonu olduğu durumlar da vardır. Kraniyofasiyal hastalıklar yüz ve kafadaki yumuşak doku ve kemiklerin anormal gelişmesi sonucunda olur. Genellikle çocuk doğduktan sonra kafanın eğik olduğu görülür bu normalde de olur aile yakın takip etmelidir.